앞으로 대기업들의 세금 부담이 소폭 늘어날 것으로 보인다. 아울러 개술기발(R&D) 비용에 대한 세액공제도 합리적으로 조정해 과도한 혜택도 줄이기로 했다.

기획재정부는 8일 '세법개정안'을 통해 "과표 1000억원을 초과하는 대기업에 대한 최저한세율을 14%에서 15%로 상향한다"고 발표했다. 다만 과세표준 1000억원 이하 기업은 현행대로 10%, 100억원~1000억원인 기업은 11%로 유지키로 했다.

최저한세는 조세 감면을 받더라도 최소한 납부해야 할 세액을 말한다. 예컨대 과세표준 5000억원인 일반기업이 R&D 투자로 공제대상 세액이 500억원 발생한 경우 600억원을 내야 한다. 하지만 최저한세가 적용되면 600억원보다 많은 69억원을 납부해야 한다. 개정안에 따르면 최저한세율이 15%로 높아지면서 납부해야 하는 세액이 40억원을 늘어난 709억원이 된다.

이와 함께 정부는 기술개발(R&D) 비용의 세액공제도 합리적으로 조정키로 했다. 일반 R&D 비용 세액공제는 증가분 방식과 당기분방식을 선택해 적용하는데, 증가분 방식의 산식을 직전 4년 평균에서 직전년도 기준으로 조정한 것이다.

현재 증가분방식은 당해연도 R&D 비용에서 직전 4년 평균 R&D 비용을 뺀 뒤 공제율(일반 40%, 중소 50%)을 곱해 계산한다. 예컨대 일반 기업이 매년 10억원씩 R&D 비용을 늘릴 경우 현재는 증가분 R&D 비용인 10억원 전액을 세액공제 받았다. 하지만 앞으로는 10억원의 40%인 4억원만 세액 공제 혜택이 주어진다.

아울러 직전연도 R&D 비용이 직전 4년 R&D 비용 연평균보다 적은 경우 당기분방식 적용을 의무화하기로 했다. 과도한 세액공제를 받기 위해 직전연도에 의도적으로 R&D비용을 줄이는 등 조세 회피 행위를 차단하기 위한 차원이다.

즉, 현재는 2년간 각각 R&D 비용을 지출하는 회사의 경우 공제세액이 3억원 수준이지만 1000만원과 50억원을 지출하는 것으로 조정하면 2년간 공제세액은 20억원으로 크게 늘어나는 문제가 있었다.

한편 정부는 조세 지출에 대한 성과 관리도 강화키로 했다.

이를 위해 성과 목표 관리와 자율평가, 심층평가 등 성과관리 제도를 도입하고, 재정지출과 연계를 강화할 방침이다. 즉, 조세 지출과 재정 지출을 편성할 때 상호 정보 활용을 강화하고, 부처 예산한도 또는 세부사업에 대한 예산을 편성할 때 조제시출 사항도 고려하도록 할 계획이다.